A segunda temporada vai se concentrar em The Sisters Arc. Com duração de apenas um único volume no Toaru Majutsu não Index romances de luz, que mais tarde foi expandido muito no Toaru Kagaku no Railgun mangá. O arco incide sobre as provações de Mikoto Misaka depois de descobrir a existência das irmãs Radio Noise que estão sendo usados ​​em o Nível 6 Shift um experimento onde eles são mortos para que o nível mais alto escalão 5, Accelerator, para alcançar o nível 6.