Kyousuke Kosaka, um estudante normal de 17 anos não se dá bem sua irmã mais nova, Kirino. Desde que se lembra, sua irmã sempre o ignorou e parecia que a relação deles ia continuar assim para sempre. Um dia, Kyousuke encontra na entrada da casa um DVD de um anime chamado Hoshikuzu Witch Meruru. Para a sua surpresa o que há dentro é nada mais que um eroge chamado Imouto to Koishiyo. Ele então decide tentar descobrir quem seria o dono do tal DVD. Na mesma noite, Kirino invade o quarto de Kyousuke e começa a primeira conversa decente que eles devem ter tido por anos. Ela o leva para seu quarto e admite que gosta de personagens moe~, ou melhor, ela gosta principalmente de personagens do tipo imouto. E assim, a vida normal de Kyousuke começa a desmoronar quando Kirino começa a pedir conselhos de vida a ele